Yapay zeka bir alanda daha ihtilal yaratabilir Bu gelişme, birtakım hastalıkların tedavisi için öteki birfazlaca uygulamanın yanı sıra yeni ilaçların da bulunmasını epey büyük oranda kolaylaştırabilir. Proteinler, her türlü canlının hayati ehemmiyetteki yapı taşı olarak düşünülebilir. Sahip olduğumuz her hücre, biroldukca proteinden oluşuyor.
Proteinlerin halini anlamak, tıp alanında ilerlemek için epeyce kıymetli. Lakin şu ana kadar bunların yalnızca makul bir kısmı üzerine çalışılabilmişti.
Araştırmacılar artık AlphaFold isimli bir programı kullanarak beşerde ve başka organizmalarda bulunan 350 bin proteinin yapısını kestirim edebiliyorlar. Genetik yapımızda insan proteini yapmak için gerekli bilgiler, insan hücrelerinin çekirdeklerindeki DNA’larda bulunuyor.
İnsan genetiğinde bu proteinlerin yaklaşık 20 bininin anlatımı yer alıyor. Toplamda, biyoloji uzmanları bunların tamamına “proteom” ismini veriyor. Bu proteomlar, hücre genetiğini oluşturan genler tarafınca şifrelenen proteinlerin tümünü oluşturuyor.
EN BÜTÜNSEL VE EN DOĞRU
Deep Mind isimli yapay zeka şirketinin kurucu ortaklarından ve yöneticisi olan Dr. Demis Hassabis, AlphaFold programından elde edilen sonuçlarla ilgili “Bugüne kadar insan proteomunun elde edilmiş en bütünsel ve hakikat resmi olduğuna inanıyoruz” dedi:
“Bu çalışmanın, yapay zekanın bugüne kadar bilimsel bilginin gelişmesine yaptığı en önemli katkı olduğunu düşünüyoruz. bununla birlikte bence bu, yapay zekanın topluma katabileceği yararların harika bir örneği.”
BBC Türkçe’nin haberinde yer verdiği ayrıntılara göre, proteinler, aminoasit ismi verilen daha küçük yapı taşlarının meydana getirdiği bir zincirden oluşur. Bu zincirler sayısız farklı biçimde katlanarak eşsiz 3d bir yapıya ulaşır. Bir proteinin formu, insan bedenindeki işlevini belirler.
AlphaFold’un varsayım ettiği 350 bin farklı protein yapısından 20 bini, insan proteomunda bulunanlar. Lakin bununla kalmıyor, bilimsel araştırmalarda kullanılan model organizmaların, mesela maya, meyve sineği ve fare üzere organizmaların proteinlerinin yapısını da ortaya çıkarıyor.
İtibarlı bilim yayını Nature mecmuasında, DeepMind araştırmacıları ve Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı’ndan (EMBL) bir grup, bu çalışmayla ortaya çıkan devasa kıymetteki kapasiteyi anlattı.
DOĞRULUK HİSSESİ ÇOK YÜKSEK
Buna göre AlphaFold, insan proteomunda bulunan aminoasitlerin yüzde 58’inin yapısal konumuyla ilgili emniyetli iddialara ulaştı. Yüzde 35,7’sinin doğruluk hissesi “çok yüksek” olarak açıklandı. Başka deneylerde bu oran bunun yarısı kadardı.
Protein yapısı üzerine çalışmak için kullanılan klasik teknikler X-ray kristalografisi, kriyojenik elektron mikroskobisi (Cryo-EM) üzere prosedürlerdi. Fakat bunların hiç biriyle bu çalışmayı yapmak kolay olmuyor.
Portsmouth Üniversitesi’nden yapısal biyoloji uzmanı Prof. John McGeehan, “Bu yapıları çalışmak hayli fazla para ve kaynak gerektiriyor” dedi.
Üç boyutlu yapılar sıklıkla bilimsel incelemelerin maksadı olarak belirleniyor, lakin bugüne kadar insan bedeni tarafınca üretilen proteinlerin tümünün yapısını sistematik olarak iddia edebilecek bir proje geliştirilmemişti.
Aslında, proteomların yüzde 17’sinin yapısı bugüne kadar deneylerle doğrulanmıştı.
AlphaFold’un varsayımlarıyla ilgili BBC’ye konuşan Prof. McGeehan, “Bu büsbütün süratle ilgili. Evvelce tek bir yapıyı çalışmamız altı ayımızı alıyordu. Artık yalnızca birkaç dakika sürüyor. Bunun bu kadar süratli olabileceğini varsayım bile edemezdik” diyor:
“DeepMind takımına yedi dizilimi gönderdiğimizde, bunların yalnızca ikisinin yapısı deher neysel olarak kestirim edilebiliyordu. Geri geldiklerinde test edebildik ve bu, dürüst olmak gerekirse, tüylerimin diken diken olduğu bir andı, zira AlphaFold’un ürettiği tüm yapılarla teğe bir birebirdi.”
EMBL’den Prof. Edith Heard, “yaşamın nasıl işlediğiyle ilgili anlayışımız için büyük bir dönüşüm niteliğinde olacak. Zira protein, yaşayan organizmaların üzerine inşa edildiği yapı taşları” yorumunu yapıyor.
İNSANLARIN GEN HARİTASI ÇIKARILDI
Bu dönüşüm yardımıyla artık yeni ilaçlar, birtakım hastalıkların yeni tedavileri, iklim değişikliğiyle çaba için gerekli olan ekinlerin tasarımı ve çevreyi büyük oranda etkileyen plastiklerin parçalanması için enzimlerin üretimi üzere uygulamalar da tasarlanabilecek.
Prof. McGeehan’ın grubu AlphaFold’un bilgilerini aslına bakarsan plastiklerin parçalanması için daha süratli enzimler geliştirirken kullanıyordu. Zira program, deneylerle yapısına ulaşılamayan proteinlerin yapısıyla ilgili iddialar sağlayarak projenin birkaç yıl daha hızlanmasına yardımcı olmuştu.
EMBL’nin Avrupa Biyoenformasyon Enstitüsü’nün başındaki Dr. Ewan Birney de AlphaFold’un protein yapısı varsayımlarının “İnsanların gen haritası çıkarıldığından bu yana oluşturulan en değerli bilgi kümesini oluşturduğunu” söylemiş oldu.
DeepMind ile EMBL, AlphaFold kodunu oluşturmak ve protein yapısı iddialarının global bilim dünyasına erişimini sağlamak için birlikte çalışıyor.
Dr. Hassabis, DeepMind’ın, bilim dünyası tarafınca bilinen tüm protein dizilimlerini çalışarak bilgi tabanına eklemeyi planladığını söylemiş oldu. Bu da, 100 milyondan fazla yapı manasına geliyor.
Proteinlerin halini anlamak, tıp alanında ilerlemek için epeyce kıymetli. Lakin şu ana kadar bunların yalnızca makul bir kısmı üzerine çalışılabilmişti.
Araştırmacılar artık AlphaFold isimli bir programı kullanarak beşerde ve başka organizmalarda bulunan 350 bin proteinin yapısını kestirim edebiliyorlar. Genetik yapımızda insan proteini yapmak için gerekli bilgiler, insan hücrelerinin çekirdeklerindeki DNA’larda bulunuyor.
İnsan genetiğinde bu proteinlerin yaklaşık 20 bininin anlatımı yer alıyor. Toplamda, biyoloji uzmanları bunların tamamına “proteom” ismini veriyor. Bu proteomlar, hücre genetiğini oluşturan genler tarafınca şifrelenen proteinlerin tümünü oluşturuyor.
EN BÜTÜNSEL VE EN DOĞRU
Deep Mind isimli yapay zeka şirketinin kurucu ortaklarından ve yöneticisi olan Dr. Demis Hassabis, AlphaFold programından elde edilen sonuçlarla ilgili “Bugüne kadar insan proteomunun elde edilmiş en bütünsel ve hakikat resmi olduğuna inanıyoruz” dedi:
“Bu çalışmanın, yapay zekanın bugüne kadar bilimsel bilginin gelişmesine yaptığı en önemli katkı olduğunu düşünüyoruz. bununla birlikte bence bu, yapay zekanın topluma katabileceği yararların harika bir örneği.”
BBC Türkçe’nin haberinde yer verdiği ayrıntılara göre, proteinler, aminoasit ismi verilen daha küçük yapı taşlarının meydana getirdiği bir zincirden oluşur. Bu zincirler sayısız farklı biçimde katlanarak eşsiz 3d bir yapıya ulaşır. Bir proteinin formu, insan bedenindeki işlevini belirler.
AlphaFold’un varsayım ettiği 350 bin farklı protein yapısından 20 bini, insan proteomunda bulunanlar. Lakin bununla kalmıyor, bilimsel araştırmalarda kullanılan model organizmaların, mesela maya, meyve sineği ve fare üzere organizmaların proteinlerinin yapısını da ortaya çıkarıyor.
İtibarlı bilim yayını Nature mecmuasında, DeepMind araştırmacıları ve Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı’ndan (EMBL) bir grup, bu çalışmayla ortaya çıkan devasa kıymetteki kapasiteyi anlattı.
DOĞRULUK HİSSESİ ÇOK YÜKSEK
Buna göre AlphaFold, insan proteomunda bulunan aminoasitlerin yüzde 58’inin yapısal konumuyla ilgili emniyetli iddialara ulaştı. Yüzde 35,7’sinin doğruluk hissesi “çok yüksek” olarak açıklandı. Başka deneylerde bu oran bunun yarısı kadardı.
Protein yapısı üzerine çalışmak için kullanılan klasik teknikler X-ray kristalografisi, kriyojenik elektron mikroskobisi (Cryo-EM) üzere prosedürlerdi. Fakat bunların hiç biriyle bu çalışmayı yapmak kolay olmuyor.
Portsmouth Üniversitesi’nden yapısal biyoloji uzmanı Prof. John McGeehan, “Bu yapıları çalışmak hayli fazla para ve kaynak gerektiriyor” dedi.
Üç boyutlu yapılar sıklıkla bilimsel incelemelerin maksadı olarak belirleniyor, lakin bugüne kadar insan bedeni tarafınca üretilen proteinlerin tümünün yapısını sistematik olarak iddia edebilecek bir proje geliştirilmemişti.
Aslında, proteomların yüzde 17’sinin yapısı bugüne kadar deneylerle doğrulanmıştı.
AlphaFold’un varsayımlarıyla ilgili BBC’ye konuşan Prof. McGeehan, “Bu büsbütün süratle ilgili. Evvelce tek bir yapıyı çalışmamız altı ayımızı alıyordu. Artık yalnızca birkaç dakika sürüyor. Bunun bu kadar süratli olabileceğini varsayım bile edemezdik” diyor:
“DeepMind takımına yedi dizilimi gönderdiğimizde, bunların yalnızca ikisinin yapısı deher neysel olarak kestirim edilebiliyordu. Geri geldiklerinde test edebildik ve bu, dürüst olmak gerekirse, tüylerimin diken diken olduğu bir andı, zira AlphaFold’un ürettiği tüm yapılarla teğe bir birebirdi.”
EMBL’den Prof. Edith Heard, “yaşamın nasıl işlediğiyle ilgili anlayışımız için büyük bir dönüşüm niteliğinde olacak. Zira protein, yaşayan organizmaların üzerine inşa edildiği yapı taşları” yorumunu yapıyor.
İNSANLARIN GEN HARİTASI ÇIKARILDI
Bu dönüşüm yardımıyla artık yeni ilaçlar, birtakım hastalıkların yeni tedavileri, iklim değişikliğiyle çaba için gerekli olan ekinlerin tasarımı ve çevreyi büyük oranda etkileyen plastiklerin parçalanması için enzimlerin üretimi üzere uygulamalar da tasarlanabilecek.
Prof. McGeehan’ın grubu AlphaFold’un bilgilerini aslına bakarsan plastiklerin parçalanması için daha süratli enzimler geliştirirken kullanıyordu. Zira program, deneylerle yapısına ulaşılamayan proteinlerin yapısıyla ilgili iddialar sağlayarak projenin birkaç yıl daha hızlanmasına yardımcı olmuştu.
EMBL’nin Avrupa Biyoenformasyon Enstitüsü’nün başındaki Dr. Ewan Birney de AlphaFold’un protein yapısı varsayımlarının “İnsanların gen haritası çıkarıldığından bu yana oluşturulan en değerli bilgi kümesini oluşturduğunu” söylemiş oldu.
DeepMind ile EMBL, AlphaFold kodunu oluşturmak ve protein yapısı iddialarının global bilim dünyasına erişimini sağlamak için birlikte çalışıyor.
Dr. Hassabis, DeepMind’ın, bilim dünyası tarafınca bilinen tüm protein dizilimlerini çalışarak bilgi tabanına eklemeyi planladığını söylemiş oldu. Bu da, 100 milyondan fazla yapı manasına geliyor.